---
name: anthropic-bio-research
description: Plugin Bio-Research chính thức Anthropic — preclinical research / literature search / genomics analysis / target prioritization. Apache-2.0. (NICHE cho life sciences R&D — most VN SME owner KHÔNG cần.)
---

# Skill: Bio-Research — Plugin Anthropic chính thức

## ⚠️ Note ngay đầu

Plugin này **NICHE cực hẹp** cho life sciences R&D (pharma, biotech, medical device, dược phẩm, viện nghiên cứu sinh học, lab phân tích gen). **Hơn 95% SME VN** chủ ngành F&B / retail / education / agency / coaching / e-commerce **KHÔNG cần plugin này** — skip thẳng. Bao gồm để hoàn chỉnh bộ 11 plugin Anthropic chính thức. Nếu bạn không ở ngành sinh học/y tế/dược → bỏ qua, đọc 10 skill còn lại.

## Plugin này làm gì

Bio-Research consolidate **11 MCP server** (PubMed, bioRxiv, ChEMBL, ClinicalTrials.gov, Open Targets, Consensus, Wiley, Synapse, BioRender, Owkin, Benchling) + **5 skill phân tích** (single-cell RNA QC, scvi-tools deep learning, Nextflow pipelines, instrument data Allotrope, scientific problem selection). Tăng tốc preclinical R&D bằng cách cho Claude truy cập database khoa học + chạy pipeline bioinformatics.

## Khi nào dùng (rất hẹp)

- Chủ pharma / biotech / medical device VN R&D thuốc, vaccine, sản phẩm sinh học cần FDA/EMA/Cục Quản lý Dược approval
- Viện nghiên cứu / lab academic cần literature review + genomics (Vinmec, Pasteur, Vệ sinh Dịch tễ TW)
- CRO/CDMO hỗ trợ pharma quốc tế cần search clinical trials + target identification
- Healthtech AI ngành phân tích gen / chẩn đoán phân tử / drug discovery

## Cách cài

```bash
claude plugin marketplace add anthropics/knowledge-work-plugins
claude plugin install bio-research@knowledge-work-plugins
```

Chạy `/start` để xem available tools + verify MCP connectors.

## Câu lệnh chủ đạo

```
Audit literature về drug X cho indication Y trong 6 tháng từ PubMed + bioRxiv, 
summary 10 điểm chính + flag preprint chưa peer-reviewed.

Tìm clinical trials Phase II/III recruit cho tiểu đường type 2 tại ĐNÁ trên ClinicalTrials.gov, 
list sponsor + primary endpoint.

Target prioritization cho Alzheimer's qua Open Targets, top 20 target evidence score cao nhất 
+ so sánh compound bioactivity trên ChEMBL.

Chạy nf-core rnaseq pipeline trên GEO dataset GSE12345, output differential expression + volcano plot.
```

## Skill bên trong plugin

- **`/start`** — diagnostic list available MCP tools + connection status
- **`single-cell-rna-qc`** — automated QC cho scRNA-seq data (`.h5ad`/`.h5`)
- **`scvi-tools`** — deep learning single-cell (scVI, scANVI, totalVI, MultiVI...)
- **`nextflow-development`** — chạy nf-core pipelines (rnaseq, sarek, atacseq)
- **`instrument-data-to-allotrope`** — convert 40+ instrument types sang Allotrope ASM
- **`scientific-problem-selection`** — framework Fischbach & Walsh research strategy

## MCP connectors

| Category | Server |
|---|---|
| Literature | PubMed, bioRxiv, Consensus |
| Journal | Wiley Scholar Gateway |
| Clinical trials | ClinicalTrials.gov v2 |
| Chemical DB | ChEMBL v34 |
| Drug targets | Open Targets |
| Data repository | Synapse |
| Scientific illustration | BioRender |
| AI research | Owkin |
| Lab platform | Benchling |

Optional binary MCP: 10X Genomics txg-mcp + ToolUniverse (Harvard MIMS).

## Quyền hạn cần thiết

- MCP HTTP connectors — Claude Code default OK
- Nextflow + Docker/Singularity local install (cho pipeline)
- Python env scanpy/scvi-tools (cho single-cell)
- Bash tool — required cho pipeline execution
- BioRender account paid
- Wiley institutional access IP/OAuth
- Benchling enterprise license

## Lưu ý cho doanh nghiệp Việt Nam ngành dược

1. **Cục Quản lý Dược (DAV)** — VN regulatory framework KHÁC FDA/EMA: dossier theo ACTD ASEAN, KHÔNG ICH CTD. Plugin KHÔNG có MCP DAV → result PubMed/ClinicalTrials chỉ input, cần regulatory consultant local
2. **Clinical trials VN thấp** — ClinicalTrials.gov ~200-300 trial active VN. Phần lớn Phase II/III multinational sponsor. Search by sponsor (Vinmec, Hồng Ngọc, ĐHY Hà Nội) thay by country
3. **Genomics data VN** — chưa có national biobank. VinBigData genome 1000 VN restricted. Plugin work tốt với GEO/SRA quốc tế, KHÔNG có MCP VN local
4. **Drug discovery realistic** — VN pharma chủ yếu generic + OTC, R&D innovative drug hạn chế. Use case: literature audit cho registration dossier, KHÔNG novel target discovery
5. **Combine với regulatory consultant** — output từ plugin là raw input, cần expert review trước khi submit DAV

## Mẹo dùng hiệu quả

1. **Bắt đầu `/start`** mỗi session — verify MCP servers connected, cloud có thể down hoặc rate-limited
2. **Search literature workflow 4 bước**: PubMed (peer-reviewed) → bioRxiv (preprint mới) → Consensus (AI synthesis) → Wiley (full-text). KHÔNG dùng 1 server đơn lẻ
3. **Clinical trial sponsor-first** — search by sponsor cho competitive intel hiệu quả hơn search by condition

## Khi nào skip plugin này

Nếu doanh nghiệp **KHÔNG thuộc life sciences** (>95% SME VN: F&B, retail, education, agency, coaching, e-commerce, SaaS, marketing services, sản xuất tiêu dùng) — **skip hoàn toàn**, focus 10 plugin khác trong bộ Anthropic chính thức.

10 plugin trên cover 95%+ SME VN use case. Bio-Research chỉ ship khi bạn thực sự ở ngành dược/sinh học/y tế.

---

**Tác giả:** Eroca Thanh · 2026-05-29
